Minija yra viena įdomiausių ir gražiausių Žemaitijos upių. Ją mėgsta žvejai, baidarininkai, kiti poilsiautojai. Nuo 1974-ųjų Plungės, Kretingos, Klaipėdos, Šilutės rajonų savivaldybėse tekanti Minija su kai kuriais intakais įteisinta kaip valstybinis ichtiologinis draustinis, siekiant išsaugoti upėtakių, lašišų, šlakių ir žiobrių nerštavietes.
Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2016 m. lapkričio 30 d. nutarimu Nr. 1181 „Dėl Bartuvos, Dubysos, Jūros, Minijos, Šventosios, Veiviržo ir Žeimenos valstybinių ichtiologinių draustinių ribų planų patvirtinimo“ nustatytos naujos Minijos valstybinio ichtiologinio draustinio ribos (TAR, 2016-12-01, Nr. 2797).
Minijos ichtiologinio draustinio ribos dabar gerokai skiriasi nuo ankstesnių. Vienur jos susiaurintos, kitur, atsižvelgiant į gamtines vertybes, praplėstos. Žemės savininkai, kurių sklypai yra „Natura 2000“ teritorijose, gali deklaruoti savo žemių valdas ir, be tiesioginių išmokų, dar gauti kompensacines išmokas pagal Lietuvos kaimo plėtros 2014–2020 metų programos priemonę „Su „Natura 2000“ ir Vandens pagrindų direktyva susijusios išmokos“.
Į naujai patvirtintą Minijos ichtiologinį draustinį patenka net kelios „Natura 2000“ teritorijos:
1. Plungės, Kretingos, Klaipėdos ir Šilutės rajonų savivaldybėse esanti buveinių apsaugai svarbi teritorija (BAST) pavadinimu „Minijos upė“, kodas LTKLA0007. Ji yra skirta saugoti visoje Europoje nykstančias pleištinių skėčių, ovaliųjų geldučių, upinių nėgių, paprastųjų kirtiklių, paprastųjų kūjagalvių, kartuolių, Baltijos lašišų ir ūdrų populiacijas. BAST plotas – 1 869,95 ha. Dalis šios teritorijos patenka į Salantų regioninį parką.
2. Paukščių apsaugai svarbi teritorija (PAST) pavadinimu „Minijos upės slėnis“, kodas LTKLAB005. Ji yra Plungės, Kretingos, Klaipėdos ir Šilutės rajonų savivaldybėse, plotas – 2 175,4 ha. Teritorija prasideda maždaug 6 km į pietvakarius nuo Plungės ir driekiasi šiaurės vakarų kryptimi iki pat Nemuno deltos regioninio parko. Apima 126,5 km ilgio Minijos upės dalį ir daugelį paupio pievų, išsibarsčiusių abiejuose upės krantuose. Dalis šios vietovės persidengia su BAST „Minijos upė“ (kodas LTKLA0007) ir BAST „Minijos slėnis ties Dyburiais“ (kodas LTLKRE0002). Į Salantų regioninio parko teritoriją patenka tik dalis šios PAST. PAST „Minijos upės slėnis“ yra įsteigta dėl griežlių ir tulžių apsaugos.
3. BAST „Stalgėnų pievos“, kodas LTPLU0012, patvirtinta Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2009 m. lapkričio 3 d. įsakymu Nr. D1-654. Užimamas plotas – 21 ha. Pagrindinė šios teritorijos vertybė yra Europos Bendrijos prioritetinė buveinė 6270*Rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos. Dažniausiai šios buveinės susiformuoja sausose ir vidutinio drėgnumo rūgščių dirvožemių pievose ar ganyklose, kuriose ilgą laiką ganoma. Minėtoje „Natura 2000“ teritorijoje, be prioritetinės buveinės 6270*Rūšių gausios ganyklos ir ganomos pievos, yra nemaži plotai 6430 Eutrofinių aukštųjų žolynų, 6450 Aliuvinių pievų, 6510 Šienaujamų mezofitų pievų fragmentų. Gyvena griežlės, veisiasi saugomi drugiai juodieji apolonai, baltajuosčiai melsviai, auga baltijinės, raudonosios gegūnės, žalsvažiedės blandys.
Minijos valstybinis ichtiologinis draustinis, „Natura 2000“ teritorijos „Minijos upė“ ir „Minijos upės slėnis“ yra priskirta Salantų regioninio parko direkcijai, „Stalgėnų pievos“ – Žemaitijos nacionalinio parko direkcijai.
Sovietiniais metais ši vietovė priklausė Milašaičių tarybiniam ūkiui. Siekiant pagerinti šlapių pievų kokybę, 1963–1964 m. čia buvo įgyvendintas Milašaičių 1-asis projektas. Jo metu numelioruota 24,8 ha „blogos būklės“ pievų, paklotas drenažas. Jis suvestas į du atvirus kanalus, tekančius per pievos vidurį, kurie arčiau upės sujungti į vieną kanalą. Dar vienas kanalas eina pačiu šiauriniu pievos pakraščiu. Tarp pievų viduryje esančio miško ir Minijos upės taip pat klotas drenažas, prakasti du gilūs kanalai, pagilinta buvusi senvagė, kuri šiuo metu virtusi kūdra. Tikrinimo metu joje maitinosi gulbė giesmininkė ir būrelis didžiųjų ančių su jaunikliais. Griovių, kanalų šlaitai apaugę krūmais, nešienaujami, todėl patvenkti bebrų, ištvinę, neišeinami.
Iš Stalgėnų pievų vidurio į Minijos upę yra nuvestas gelžbetoninis vamzdis. Pasak vietinių, juo teka vanduo iš 750 m gylio gręžinio. Šis giluminis gręžinys, neaišku, kokioje šiaurinio Minijos šlaito vietoje, buvo iškastas slapta, kariniais tikslais, ir tiksli jo vieta nežinoma. Manoma, kad jo uždaryti negalima, nes savaime srūva iš požeminių vandens telkinių. Gaila, jei geriamas vanduo beprasmiškai pildo srauniosios Minijos vandenis.
Prie Minijos upės, ties Stalgėnų gyvenviete esančiose „Stalgėnų pievose“, nuo nepriklausomybės laikų buvo bendrai ganomi galvijai. Šiuo metu čia yra daugiau kaip 10 privačių sklypų ir keletas sklypų, kuriems nėra suteikti numeriai. Šių metų rugpjūčio 4-ąją pievose ganėsi dvi atskiros bandos, kuriose matėsi 7 ir 5 galvijai. Dalis neganomų sklypų buvo nušienauta. Įloma į vakarus ir šiaurę nuo viduryje esančio miškelio užpelkėjusi, joje įsikūrę bebrai, kurie nutekantį vandenį pačiu vakariniu pakraščiu nukreipė į kolūkių metais vietoj senvagės suformuotą tvenkinį. Iš jo susikaupęs vandens perteklius melioracijos kanalu nuteka į Miniją. Ši pievų dalis neganoma ir nešienaujama, pradeda želti krūmai, kurie šiauriniame pakraštyje sudaro jau ištisus sąžalynus. Žemės savininkai turėtų iškirsti krūmus jiems priklausančiuose sklypuose, kanaluose, tvenkinio pakraščiuose ir taip sumažinti bebrų skaičių.
Veiklą minėtose „Natura 2000“ teritorijose, įtrauktose į Minijos valstybinį ichtiologinį draustinį, reglamentuoja LR saugomų teritorijų įstatymas, Gamtinių ir kompleksinių draustinių nuostatai, Specialiosios žemės ir miško naudojimo sąlygos, Bendrieji buveinių ar paukščių apsaugai svarbių teritorijų nuostatai.